Zowel de Stichting IPNZE als haar werkzaamheden hebben een lange geschiedenis, die terug gaat tot in de 60-er jaren van de 20ste eeuw.
In de 60-er jaren van de vorige eeuw vestigden zich steeds meer (Indische) Nederlanders in Spanje. Ds. H. van den Brink, emeritus zendingspredikant, zocht hen op en ging wonen in de buurt van Malaga. Hier werd in 1966 begonnen met Nederlandse Protestantse huisdiensten. Ds. Van den Brink zocht en vond medestanders om het pastoraat onder landgenoten in Spanje uit te breiden. Zo ontstond de eerste Nederlandse gemeente in Fuengirola aan de Costa de Sol. Later volgden de gemeenten in Denia, Benidorm en op Mallorca.
Ds. Van den Brink vormde in Nederland een commissie om emeriti-predikanten te werven en om steun te vergaren voor de kleine gemeenschappen. De toenmalige synoden van de Nederlands Hervormde Kerk en de Gereformeerde Kerken stonden sympathiek tegenover dit werk, maar verleenden geen financiële steun. Zodoende ontstond de toenmalige stichting E.P.N.S.P. – voluit: Stichting voor Evangelisch Pastoraat onder Nederlanders in Spanje en Portuga -, met als oogmerk begeleiding en ondersteuning van de Nederlandse Interkerkelijke Gemeenten in Spanje en Portugal. Zij zette zich onder meer in voor het werven van (emeriti) predikanten en het vergaren van noodzakelijke gelden.
In 1970 werden de eerste ambtsdragers bevestigd aan de Costa del Sol en werd officieel de eerste gemeente geïnstitueerd in Fuengirola. Van daaruit zijn toen later de andere gemeenten ontstaan, o.a. de kerk van Denia in 1975. Later werden elders nieuwe gemeenten gesticht – Portugal, Gran Canaria, Tenerife, Torrevieja. De Nederlandse gemeenten in Spanje en Portugal werden en zijn erkend door de kerken in Nederland.
In 2007 werd ook in Alanya, Turkije, de Nederlandse Interkerkelijke Gemeenten Alanya (NIGA) opgericht – de eerste Nederlandse kerkelijke gemeenschap in Turkije. De gemeente op Mallorca moest helaas wegens gebrek aan kader worden opgeheven.
In de loop der jaren veranderde de voormalige stichting E.P.N.S.P. haar naam in: Stichting Interkerkelijk Pastoraat onder Nederlanders in Zuid-Europa (IPNZE). Als geloofsbelijdenis werd, voor alle binnen genoemde Stichting samenwerkende gemeenten, vastgesteld de belijdenis van Petrus: “U bent de Messias, de Zoon van de levende God” (Matt. 16:16)